没当兵而提有部队自考本科毕业证书(已认证),但本地组织部不承认此学历(合理吗?),能报考要求有本科学历的公务员吗?

一同学是公务员,从没进过部队,提有南京某部队院校的自考本科毕业证书(该证书已通过省学历中心鉴定,网上也能查到.),但组织部却不承认此本科学历,合理吗?